《意见》指出，“十五”期间，我国玉米深加工转化消耗玉米数量累计增长94%，远高于同期玉米产量的增长。一些加工地区已经出现加工能力过快扩张、原料紧张的倾向。《意见》明确提出，“十一五”时期玉米深加工用粮规模不得超过玉米消费总量的26%，饲料玉米用量的年增长率则要保持在4.7%左右。
除此之外，《意见》还对玉米深加工的产品结构作出了重要调整，重点提高淀粉糖、多元醇等国内供给不足产品的供给，限制发展以玉米为原料的出口导向型产品，以及以玉米为原料的食用酒精和工业酒精。
《意见》还将玉米深加工项目，列入限制类外商投资产业目录，暂不允许外商投资生物液体燃料乙醇生产项目和兼并、收购、重组国内燃料乙醇生产企业。同时提高对从事玉米深加工企业的资格要求，规定玉米深加工企业的现有净资产不得低于拟建项目所需资本金的两倍，总资产不得低于拟建项目所需总投资的2.5倍，资产负债率不得高于60%，项目资本金比例不得低于项目总投资的35%，省级金融机构评定的信用等级达到AA。
针对玉米深加工过程中的资源浪费和环境污染问题，《意见》要求，为加快结构调整进行的改扩建项目的原料利用率必须达到97%以上、淀粉得率68%以上，主要行业的能耗、水耗、主要污染物排放量等技术指标达到相关标准，淘汰低水平、高能耗、污染严重的企业，尤其是没有污水处理设施的小型淀粉和淀粉糖(醇)企业。
